Los principales inconvenientes en los programas de retribución basados en los puestos de trabajo son los siguientes:
- Los planes de retribución basados en el puesto de trabajo no tienen en cuenta la naturaleza de la empresa y sus problemas concretos.
- El proceso de establecimiento de planes de retribución a partir de los puestos de trabajo es mucho más subjetivo y arbitrario de lo que sugieren sus defensores.
- Los sistemas a partir de los puestos de trabajo son menos adecuados en los niveles altos de la organización.
- A medida que la economía se ha orientado más a los servicios y el sector industrial ha perdido importancia, los puestos de trabajo se han definido de una forma más genérica.
- Los planes de retribución a partir de los puestos de trabajo tienden a ser burocráticos, mecánicos y poco flexibles.
- El proceso de clasificación de los puestos de trabajo perjudica a aquellos puestos tradicionalmente ocupados por mujeres.
- Los datos sobre salarios y retribuciones obtenidos a partir de los estudios de mercado no son definitivos.
- A la hora de determinar la equidad interna y externa, lo que cuenta es la percepción de equidad que tienen los empleados y no las valoraciones de los comités de clasificación de los puestos de trabajo.